Если прибор умеет сохранять файл в произвольное место, а не только на флешку, то примонтировать в это место ресурс с raspberry pi (по sftp/smb/webdav или другому протоколу). Это можно сделать даже в винде.
Если не умеет в произвольное место сохранять. То найти или написать простую программу, которая отслеживает изменения в файле и через некоторое время передаёт его на RPi.
Если ещё и вариант с тем, чтобы RPi прикидывался usb-storage устройством, но он сложнее, и не факт, что надёжнее.