Все css-переменные генерируются бутстрапом в начале его файла стилей для корневого селектора
:root
.
Большинство этих переменных (а может и все) получают свои значения из sass-переменных.
Если вы самостоятельно собираете стилевой файл бутстрапа, то вам следует найти соответствующие sass-переменные и исправить их. В данном случае речь идет о переменной
$body-bg
.
Если же не занимаетесь сборкой бутстраповских стилей, а просто взяли и подключили готовый файл bootstrap.min.css, то подключите ниже еще один css файл, в котором вы сможете переопределить любые стили фреймворка, в том числе css-переменные.
В данном случае напишите
:root {
--bs-body-bg: red;
}