Репликация вида master-master не работает вообще. Никогда. Забудьте про нее, не упоминайте про нее, считайте, что ее нет.
Встроенная репликация в MySQL вообще работает
работает из рук вон плохо.
Возможно, вам стоит рассмотреть вариант записи в две базы прямо в приложении или же репликации через умный прокси, который умеет ожидать ответ от двух баз сразу. Попробуйте
rubyrep (только не верьте тому, что у них написано про master-master).
PS. Кстати, неплохим вариантом является MySQL поверх DRBD - репликация на уровне блочного устройства, но с географически распределенными серверами работать это будет медленно. Но, по крайней мере, это будет работать.