1. Сколько времени прошло? Если недавно отправили на перепроверку, то робот мог еще не сделать переобход.
2. Чтобы проблема исчезла, необходимо не файл favicon.ico заменять, а сделать файл в формате .svg размером 120 на 120 и прописать путь к нему рядом с метатегами.
3. Если все условия выполнены и проблема остается, то обратитесь прямо в поддержку ЯВебмастера через свой кабинет. Обычно отвечают в течение 15 минут.