$descrspec = [0 => ['pipe', 'r'], 1 => ['pipe', 'w'], 2 => ['pipe', 'a']];
$pipes = [];
if( $ph = @proc_open($cmd, $descrspec, $pipes, $cwd) )
{
// ждем завершения (как?)
proc_close($ph);
// продолжаем работу с файлами, которые создал процесс
}