насчет фильтрации по складам - не понял вопроса, а вот в публичной части проблемы наверняка будут. Потому что у вас второй инфоблок по сути будет без элементов.
Привязать элемент к двум инфоблокам нельзя, потому что это "зашито" в структуре БД.
Если взять идею
tgarl и довести до логического предела, то получится так:
Допустим, у нас 5 корневых разделов , то есть 5 инфоблоков. Делаем шестой инфоблок без разделов, сваливаем туда все элементы. А у первых пяти добавляем в раздел множественное UF-поле с привязкой к элементам шестого инфоблока.
Я глубоко убеждён, что в публичной части штатный фильтр каталога работать не сможет.