Здравствуйте!
Во-первых, стоит учитывать, что SEO SpyGlass работает по собственной базе ссылок. Чтобы внешняя ссылка попала в любой подобный сервис, нужно, чтобы робот этого сервиса её просканировал (обнаружил).
Случаются разные причины, почему ссылок может не быть в отчете:
– Если ссылки появились недавно, роботы SpyGlass могли просто не успеть обойти те страницы, где они размещены. Нужно подождать. У Google сохраненные копии отключили, а вот в Яндекс вы глянуть можете. Я смотрю, что все там впорядке и ссылка есть.
– Чтобы сервис увидел ссылку, страница-донор должна быть открыта для индексации и доступна для краулеров. Тут проблем не вижу.
– Если у вас активные ссылки в футере (сквозняки), они также учитываются, но иногда группируются сервисами. Поиграйтесь с фильтрами.
Рекомендую также проверить данные в аналогичных сервисах, таких как Ahrefs, Semrush или Keys.so, а также заглянуть в Google Search Console и Яндекс.Вебмастер — там отображаются ссылки, которые уже точно видит поисковик. Я сервисам от самих поисковых систем доверяю больше, и вам советую. Успехов!