1. Все права на файлы всегда контролируются ОС, поскольку доступ к файлам происходит через вызовы системных функций. Каждый экземпляр PHP запускается от конкретного пользователя, с правами этого пользователя он и работает. Например, из cron запуск может быть от пользователя root, а через Apache от www-data.
2. В web-интефейсе, как правило, всё доступно от имени пользователя, под которым запущен web-сервер (Nginx, Apache и т.п.).
3. Атрибут "исполняемый" означает, что данный файл можно запускать как приложение. Модуль запуска приложений проверяет тип файла и, если это не самостоятельное ELF-приложение, то ищет в начале файла строку с указанием интерпретатора (для PHP - #!/usr/bin/php
) и запускает интерпретатор, передавая ему путь к скрипту.
4. Достаточно, если запускать именно интерпретатор с указанием пути к скрипту или подгружать скрипт через include/require.