Помещаете свой массив с 4000 элементами в таблицу базы данных.
Добавляете еще несколько атрибутов для записи таблицы:
1. статус обработки парсинга, значения: 1 - добавлен в очередь на обработку, 2 - в обработке, 3 - обработка завершена.
2. Дата и время изменения статуса обработки.
Теперь ваш скрипт должен взять запросом из таблицы базы одну запись (один сайт) со статусом 1 (или со статусами 2 или 3, с разницей времени больше периода повторной обработки парсинга) и перевести в статус 2 и начать обработку. По окончании обработки выставить статус 3. При смене статуса обновлять его время изменения.
Анализировать статус и переводить его в статус 2 нужно одной транзакцией, а в статус 3 - другой транзакцией.
Если время выполнения персинга с момента старта скрипта небольшое (определяете предельное время работы одного потока и с ним сравниваете), то можно взять следующую запись в работу.
Все, теперь вы написали простетский планировщик задач и можете параллельно запустить несколько скриптов через браузер или через cron на сервере. Каждый поток выполнения скрипта запросом в базу будет брать задачи, поставленные в обработку, либо перезапускать давно не запускавшиеся задачи, либо перезапускать зависшие в обработке.