1. Используй pandas для чтения из csv не забудь про параметр decimal. Потому что у тебя вместо плавающей точки запятая.
2. Если надо почисти данные (удали пустую колонку) метод drop, возможно перведи единицы измерения времени в те в которых значения будут поменьше например если оно в нано секуднах в секунды.
3. Рисуй свой график.
Псевдо код будет такой.
df = pd.read_csv('myfile.csv', sep=';', decimal=',')
df = df.set_index('time')
df.plot()
Глянь на свой фрейм, и работай с ним это лучше чем собирать данные в списки, по скольку он создан для подготовки данных, и все библиотеки визуализации ожидают pandas фрейм, в качестве данных для визуализации.