По первому вопросу, копаете в верном направлении, внешний код свойства должен совпадать с тем уидом, что приходит из 1с, тогда свойство будет выгружаться.
Нужно скопировать внешний код из свойства, которое выгрузилось из 1с, и его вставить в свойства в которое должно выгружаться, затем удалить свойство из 1с и выгрузить снова.
По второму вопросу при обмене меняется символьный код товара, так Битрикс себя и ведёт. Лечится созданием обработчика события изменения товара, в обработчике проверяете, что это именно выгрузка из 1с и удаляете свойство CODE. Так символьный код товара меняться не будет.
Это только верхушка айсберга. Например, при смене разделов каталогов, урл товара тоже изменится и в этом случае крайне желательно настроить редирект со старого пути на новый.
