Уже два или три дня как счетчик непрочитанных сообщений в
трекере старой версии хабра показывает что есть непрочитанные сообщения при их реальном отсутствии. Он это и раньше делал, скорее всего если в отслеживаемом посте какой-нибудь пользователь оставляет комментарий а затем его удаляют, пост не помечается как имеющий непрочитанные комментарии (даже цветом не выделяется) но если открыть этот пост (наугад!) то счетчик непрочитанных снова уменьшается.
Теперь же счетчик увеличивается при открытии постов из отслеживаемых, похоже любых постов, у меня уже 6 непрочитанных и число растет.
