Для файловых синхронизацией посоветую syncthing следующая ступень развития после rsync на мой взгляд - демон, постоянно работает в фоне, слушает inotify и как следствие сразу отлавливает все изменения в файлах и отправляет на удалёнку.
Система базируется на торрент протоколе, так что все плюсы: хеш-подпись, 100% гарантия передачи, докачки, автоматическое восстановление после обрыва, скачка с нескольких клиентов, диф-изменения, шифрация канала связи ужо в комплекте.
Сильно открещивается от ярлыка "бекап-система", но полноценно выполняет все основные функции.
Для сохранения измененных/удаленных файлов использовать один из вариантов версионирования.
Под венду запускаю через nssm
