em — это кегельная, величина кегельной площадки, то есть квадрат со стороной в один кегль.
Соответственно, логично применять его по отношению к шрифту. То есть размер шрифта, размер интерлиньяжа, отступы и прочее. Типографы в принципе все измеряют в типографских единицах, часто строя модульную сетку под определенное количество строк текста, но не забывайте, что размер листа у них в мм или дюймах. Так и Вы, если спрашиваете про верстку сайтов, то не забывайте, что размер экрана у Вас в пикселях. Так что для той же модульной сетки лучше использовать другие единицы.