Вроде разобрался, но это не точно. Пошагово опишу, что я сделал. Произвёл настройку File Watchers по документации JeitBrains PhpStorm.
При такой настройке устанавливается пользовательское расположение вывода скомпилированных файлов с сохранением исходной структуры папок. На скрине выше это видно, в папке custom_srtucture группа файлов с расширением SCSS инспектируются и компилируются в папку css автоматически File Watcher - ом. Проблема заключалась в том, что я не мог исключить файлы mixins.scss и variables.scss из инспектируемых файлов дабы они не дублировались в папке css за ненадобностью.
Далее зашёл в настройки

зашёл в дерево проекта

и правой кнопкой мыши кликнул по файлу который надо исключить из инспектируемых, в диалоговом окне выбрал exclude, вроде работает буду тестировать дальше.