Это постоянно в Skype так, чаще всего проявляется, если долго не запускать программу. Проблеме уже года 3 минимум, я регулярно с ней сталкиваюсь (запускаю Skype очень редко, раз в несколько месяцев, до полугода). Оставьте программу запущенной, через какое-то время сообщение появится.