Всем спасибо, самостоятельно нашел ответ. Оказывается дейтсвительно существует API для доступа к пометкам:
PDFViewerApplication.pdfDocument.annotationStorage.getAll(); // Вытащит все аннотации из текущего документа
PDFViewerApplication.pdfDocument.annotationStorage.setAll(); // Запишет аннотации в документ (или хранилище?)
Правда это в текущем виде мне вряд ли подойдет, так как это все не сериализованные данные, буду копать дальше.