Никак. Запуск EXE в данном случае будет наиболее простым интерфейсом между python кодом и C# кодом.
У питона своя виртуальная машина, у .NET языков - своя, и друг про друга они не знают.
Ты, конечно, можешь ткнуться в сторону
Python.NET, но без гарантий что это вообще то что нужно, и что это применимо в твоем конкретном случае.