Лопатить миллион тысяч изображений можно чем угодно, хоть через php, хоть через богоподобный
imgproxy и bash — в зависимости он поставленных задач. Просто запускай скрипт не из браузера а через консоль или
Cron. При таком подходе нет ограничения на время выполнения скрипта, хотя и появляются требования к более аккуратному программированию по части утилизации ресурсов.