Почитайте справку Гугла про софт-404. Очевидно, что сервер отдаёт роботу не совсем то, что отдаст нормальному живому человеку. Когда вы в браузере получаете нормальную страницу, робот может получить обломок.
Если же речь о реальных 404 – то и здесь стоит оценить системные ресурсы и настройки парсинга. Вероятно, сервер просто не вывозит нагрузки.