Переводить нужно пошагово, без вариантов. Перескочить не получится - отсутствуют необхоидимые компоненты между 2003 и 2012 r2. Почитайте
рекомендации микромягких
Нужно вводить контроллер домена повыше в домен, передавать ему роли pdc, потом еще повыше вводить, снова передавать и тд., пока не выведете все неугодные, не вздумайте грейдить сам сервер - может печально все окончиться.
Делайте очень осторожно, вдумчиво и без резких движений. Удачи!