у меня url строятся без вложенных разделов, но ссылки в навигационой цепочке почему с вложенными разделами, из-за чего попадаю на 404, как это исправить?
происходит это из-за того что последний раздел является кликабельным, как будто не в нём находится, не понятно почему, как раз тот раздел где находится вызов компонента news.list
Не важно как у вас строятся URL. И то что последний раздел тоже кликабельный значения не имеет.
Подозреваю вы используете штатные комплексные компоненты в SEF режиме - т.е. сделали всё чтобы потерять контроль над роутингом.
Самое просто решение думаю - это выключить в компонентах добавление айтемов в навигационную цепочку и управлять ей вручную в component_epilog.php: $APPLICATION->AddChainItem('Имя', 'Ссылка', true);