Вариант 1. 
Ctrl + Shift + ` для WIndows  или 
Cmd + Shift+ P для Mac
указывай путь без кавычек например, хотя должно работать и так и так  
node d:\temp\test.js
или 
Сперва перейди в терминале в каталог с файлом и там напиши просто 
node index.js
еще смотри что за терминал запущен, могут быть нюансы.
Вариант 2. Установи Code Runner из репозитория .
После открываешь свой проект выделяешь код и правой кнопкой по нему, там выбирай пункт Run Code

А еще вопрос, попробуй для теста написать node -v