Варианта два:
1. Сложный и в теории правильный - по сути написать свой драйвер (а может и не драйвер), который будет постоянно в фоне сидеть и отслеживать, какие устройства подключаются, и при подключении твоей ардуины - запустит нужный код.
2. Простой, но костыльный и пахнущий зловредами - BadUSB
Зависит от твоей задачи.