Вероятно, Вам следует узнать о том, что такое Gulp или Parcel, хотя бы издалека, если уже не познакомились. Это поможет автоматизировать минификацию. Самостоятельный разбор и просмотр видео в YouTube помогут ответить на множество вопросов.
Предполагаю то, что ключом к ответу на вопрос является шаблонизатор. Шаблонизаторы бывают разные, выберите любой на вкус и цвет.
Мне нравится широко общие стили и стили для сброса стилей подключать в корне, там же хранить основной файл стилей с импортом, а остальные стили, которые необходимы конкретным областям, хранить рядом с кусками кода, к которым эти стили относятся. Предпочитаю максимально разделывать код на куски и раскладывать по отдельным папочкам, создавая рядом файл стилей для выбранной области. Все куски импортирую в один файл через сборщик, либо через импорт или другие дополнения, если сборщика нет.
Вобщем, для того, чтобы переиспользовать некоторые элементы интерфейса, по-моему мнению, лучше импортировать все стили в один файл, если это не противоречит принятым принципам реализация веб-ресурса. Некоторые сборщики умеют переносить только выбранные части стилей и даже хранить их в head, без подгрузки файла стилей, вообще. Моя рекомендация относится к частой практике, Вы можете найти оптимальный вариант решения под конкретный проект. Универсальную пилюлю, пока что, не смог найти.
Вероятно, на скорость загрузки более влияет место сборки и отрисовка страницы веб-ресурса, чем расположение стилей, если речь о бизнес проекте.
Возможно, Вас может заинтересовать следующая статья:
https://ru.bem.info/methodology/filestructure 
Простой
Средний
