\Bitrix\Catalog\Model\Price::update($PriceId,$arPrice);
который вы используете для обновления, использовать что-то вроде:\Bitrix\Catalog\Model\Price::add(array(
'CATALOG_GROUP_ID'=>$PriceId,
'PRODUCT_ID'=>$ProductId,
'PRICE'=>$Price,
'CURRENCY'=>'RUB',
));