Ну допустим, что этот ваш "timeout для других функций" это
setTimeout()
setTimeout(myFunction, 1000) // вызовет функцию myFunction через 1000 миллисекунд (1 сек)
setTimeout(myFunction, 60000) // вызовет через 10 минут
Осталось придумать что написать внутри myFunction.
Если вы рассчитываете на
window.close(), то в современных браузерах это сработает только в тех окнах, которые и открыты были скриптом.
Ну и никто не помешает нажать потом Ctrl+Shift+T и восстановить закрытую вкладку.