А при резервном копировании у вас папки ./upload и ./bitrix/backup исключены?
И ещё просмотрите какая папка занимает максимум места, а потом смотрите в ней другие папки, и так до файлов:
введите в командной строке:
du -hc --max-depth=1
Сначала в папке
/home/bitrix/www/
затем в тех папках которые сильно много весят, затем в их подпапках, и т.д. пока не найдёте чем занято место.