В зависимости от IDE, на сколько я помню, microsoft visual studio позволяла просто добавить dll как файл к проекту и ее инструменты деплоя начинали учитывать этот файл при сборке установщика. Но никто не мешает тебе собирать файлы в пакет вручную/другими инструментами, вне IDE.
Интегрировать dll буквально внутрь exe файла не получится, за исключением банальной упаковки файла в самораспаковывающийся архив, но в момент инжекта ddl должна лежать уже отдельно.