Только если отдавать архив через php, но это не хорошо т.к нагрузка будет не нужная.
Сделать нужно следующее, когда вы отдаёт файл пользователю, через php, то читайте его кусочками. И сохраняйте в буфер кол-во отданных байт, как кол-во отданного будет равно размеру файла, то файл можно считать скаченным и соответственно произвести удаление. Но если вы хотите ещё поддерживать докачку при обрыве соединения, то нужно ещё учитывать заголовки смещений при докачки и дополнять буфер уже оданными байтами ранее, при предыдущей сессии. Ну вот как-то так...
Или второй вариант, по факту обращения к ссылки на скачивание, помечайте файл, как якобы скаченный, и потом скажем через 24 часа удаляете его.