mysql (с небольшой бд) и около 100 шт подчиненных
этих 100 шт - это БД или таблицы ?
Если
100 штук серверов, бд - 1 одна, в ней 10 таблиц.
, то
Можно делать синхронизацию всех БД например на какой то 1 сервер, и написать скрипт, что бы все остальные стягивали с него изменения. Если маленькая БД, то может использовать что то типа git, там есть дата последнего изменения.
Или можно просто руцями синкать. Делать дамп и раскидывать по всем БД или написать команду rsync и запихнуть ее в крон.