Для начала создайте резервную копию существующей базы данных, используя команду
mysqldump
mysqldump -u [username] -p [database_name] > [backup_file.sql]
Потом импортируйте новую базу данных из файла SQL:
mysql -u [username] -p [database_name] < [new_database.sql]
Восстановите данные:
mysql -u [username] -p [database_name] < [backup_file.sql]
Тут объединится новая и старая базы данных, но старые данные будут сохранены.