Я задал через functions.php два шорткода, и когда выводил их на тестовых страницах, даже сначала не заметил, что они не становятся частью основного содержимого элементора. То есть кастомный слайдер я вывожу вверху через текстовое поле [my_elementor_php_output], он под хедером над всем остальным, так и надо.
Но второй шорткод должен быть в середине основного содержимого элементора, как сделать контент шорткода частью страницы элементора?