если я правильно понял что ты хочешь сделать это
<?php include_once 'header.php' ?>
в header.php только контейнер
потом разбиваешь на файлы nav и прочее и также подключаешь
<header>
<?php include_once 'nav.php' ?>
<?php include_once 'other.php' ?>
<?php include_once 'other2.php' ?>
</header>