Текст ошибки:
Syntax error: Expected end of input but got keyword WHERE at [2:1]
Этот текст ошибки никакого отношения к MySQL не имеет даже приблизительно... По тексту сообщения больше похоже на BigQuery.
Так что если пишешь про себя "Изучаю SQL" - то начни с изучения, какую СУБД используешь, что ли.
Нужно узнать даты последних кроулов для каждого домена. Всего их 13.
Если нужна только дата - нафига ты выбираешь все поля (SELECT *) ?
Если их "всего 13" - нафига LIMIT 1000 ?
Возможно это не простая таблица а Google Big Table. Тогда обычные практики оптимизации SQL могут плохо работать. Я-бы предложил не использовать group by а переписать с window functions если gbt это поддерживает. И посмотреть как партицирована таблица. Возможно под специфичный query стоит сменить partitioning если там он дефолтный или неудачный.