вам придется заново получить нужные вам свойства и добавить их
из серии
$res = \CIBlockElement::GetList(null, Array('IBLOCK_ID' => '26', 'ID' => $productId), false , false,array('ID','XML_ID','IBLOCK_EXTERNAL_ID'));
...
$arParamsProp=[...];
...
$item->getPropertyCollection()->setProperty($arParamsProp);
и да такой момент если у вас есть обмен с 1С, то вам еще потребуются неучтенные вами параметры продукта
$item->setFields(array(
'QUANTITY' => 1,
'CURRENCY' => Bitrix\Currency\CurrencyManager::getBaseCurrency(),
'LID' => Bitrix\Main\Context::getCurrent()->getSite(),
'PRODUCT_PROVIDER_CLASS' => 'CCatalogProductProvider',
"CATALOG_XML_ID" => $arParamsProp['CATALOG_XML_ID'],
"PRODUCT_XML_ID" => $arParamsProp['PRODUCT_XML_ID'],
));
а просто клонировать, такого нет, каждый чих придется самому учитывать