Exe-шник - это конечный продукт после которого уже ничего не делают. Более того. Владелец этого артифакта обычно предпринимает все технические и юридические ходы чтобы ты не мог ничего сделать с файлом кроме как просто его выполнить.
и как будет происходить компиляция минуя среду разработки?
Если хотят пере-использовать какой-то бинарник в API - то создают *.dll и к нему идет спецификация (заголовочный файл *.h) который описывает функции которые внутри. Это - легальный способ переиспользования бинарного кода в Windows.
Что ты там придумал с билдером - непонятно. Возможно ты пытаешся собой подменить компиллятор. Почитай про сборщики (CMake например). Может там будут ответы на твои вопросы.