Альтернатив - миллионы. Есть библиотеки которые предоставляют доступ к файлам наподобие баз данных. Это LevelDb например.
Но обсуждать этот вопрос глубоко - нет смысла т.к. неясны требования к твоей системе хранения.
Если тебе достаточно файлов (csv, json, xml) то ради бога! Храни в файлах. Это будет очень даже
экономно с точки зрения TCO и никакой админ не нужен. А вот когда ты будешь гонять запросы
по файлам и тебе понадобится индексирование, транзакции и изоляция - вот с этого момента
можно обуждать всякие dbms или системы на файлах.