Если не знаете приоритет - то всегда можно поставить скобки. Это решает проблемы и не несет накладных расходов.
Просто код становится на 2 символа длиннее.
SELECT ..... FROM .... WHERE (CODE: `id` = value OR `code` = value) .... other predicates....
Update:
Если тебе надо гарантировать что поле не пустое - то добавь еще один предикат IS NOT NULL.