Этих php.ini может быть как собак нерезанных. У меня на сервере их только стандартных 48 штук.
не считая форков для отдельных сайтов.
Каждый php.ini для представления пхп умноженные на версию самого пхп.
Про что я это, про то что не факт что вы применили
Обратите так же внимания что нужно менять не 1 а 3 значения должны быть не меньше нужного вам размера
upload_max_filesize 100M
post_max_size 100M
memory_limit 100M
Какой конкретно php.ini используется у вас на сайте " в консоле может быть другой", и у каждого сайта тоже.
phpinfo на самом сайте и там будет видно какие php.ini файлы у него используются.
Впишите в него и рестартуйте апачь
если nginx то не забудьте рестартовать fpm демона.