Если между филиалами принципиальной разницы нет, то делить для них отдельные таблицы смысла нет.
Города/филиалы вынести в отдельную таблицу ссылаться на них по первичному ключу.
---
Но вообще, если это не реальная задача а не диплом/курсач/задание для универа, мой вам совет - используйте готовые решения или доверьте реализацию профессионалам. Судя по постановке вопроса, с разработкой подобных систем вы знакомы довольно слабо и потенциальные ошибки, допущенные на этапе проектирования или реализации могут стоит куда дороже суммы, которую вы потратите на специалистов.