1. Вполне возможно, дело не в самой Windows и вирусах, её терзающих. Если была дыра, например, в RDP, то, накатив новую систему и вернув все явки-пароли на прежнее место, дыра осталась «незаделанной».
2. "овно-сборка с торрента с вирусом в комплекте
3. Систему поразил какой-нибудь экзотический руткит, типа
CosmicStrand