docker exec stack-mysql bash -c "mysql -u root -proot -h mysql -e \"CREATE DATABASE IF NOT EXISTS `stack-table`;\"";
stack-table: команда не найдена
` `
, которыми окружено название таблицы, в шелле означают, что надо выполнить команду внутри них." ... "
, то экранируйте эти обратные кавычки: ...IF NOT EXISTS \`stack-table\`
bash
даже и не нужна, можно сразу выполнять команду mysql:docker exec stack-mysql \
mysql -u root -proot -h mysql \
-e 'CREATE DATABASE IF NOT EXISTS `stack-table`';
В одинарных кавычках экранировать обратные тики не нужно.