Во-первых, при чем тут PyCharm, если это IDE?
Во-вторых, проверьте флаги для pyinstaller: может, вы где-то ошиблись?
В-третьих, добавьте в вопрос больше информации, например: комманду/Makefile/*.cmake/*.mak для сборки скрипта, а так же отчет, выведенный в терминал pyinstaller'ом.
В-четвертых, попробуйте эту комманду, она почти 100% сработает:
$ python -m pip install pyinstaller --upgrade | python -m pyinstaller -F your_script.py