В общем дело не в Symfony и не в Doctrine. Доктрина для создания миграции и проверке схемы определяет реальную схему в БД. При этом, в числе прочего, обращается к таблице information_schema.referential_constraints . И именно этот запрос тормозит.
Для примера
select CONSTRAINT_SCHEMA from information_schema.referential_constraints limit 1;
выполняется 6 с половиной минут
В общем создал
вопрос с соответствующим заголовком и тегами