1. id метки проще сохранять либо как обычный параметр маркера при его создании, либо с помощью замыкания.
2. Для показа в балуне содержания, привязанного к метке, нужно просто использовать
properties при создании Placemark (см. в таблице вторую строку и название параметров).
3. Данные нужно сначала подгрузить? При клике на маркер по его id делаем запрос. А как реализуется —
есть пример в песочнице. Обращаем пример на строчку:
placemark.properties.set('balloonContent', newContent);