Является ли хорошим тоном использование файла setup.py в проектах, в частности Flask и FastApi... или это нужно только в для определенных фреймворков или типов проектов? Если да, то каких?
Если под setup.py подразумевается установочный скрипт setuptools/distutils, то есть смысл его использовать для библиотечных модулей или специфичных операций, типа компиляции cython'ом. Для проектов с использованием web-фреймворков не вижу никакой пользы.