>> Через строку всё прекрасно работает
Вот только у вас другая команда в cron
/usr/bin/flock -n /tmp/fcj.lockfile source /mnt/c/Users/MissAnastasiia/Script/script.sh; prepare "$Prepare"
после вот этого
/usr/bin/flock -n /tmp/fcj.lockfile
может должно быть чтото типа ;
Редактирую ответ - подвела плохая память, забыл что за flock . Вероятно должно работать и так , судя по путям мы имеем дело с WSL , а ее баги уже наверное всех достали. Смотрите логи (/var/log/syslog) , может там чтото есть от крона.