Сделайте rewrite правило в конфиге nginx, чтобы при обращении к sitemap.xml вызывался php скрипт, который и обновит и выведет содержимое sitemap.xml. Только позаботьтесь о некой логики кеша, чтобы функция обновления файла запускалась не каждый раз, а по мере устаревания файла или его отсутствии.
