"Нормальные" современные программы сохраняют свои документы, настройки или временные файлы в профиль пользователя, из-под которого они были запущены, в каталоги типа
Documents, %Temp%, %AppData%
и ветки реестра в разделе HKCU.
Это не влияет на подобные сохранения других пользователей этой программы на этом компьютере.
Конечно могут быть и исключения. Например, некоторые настройки каких-то программ могут быть сделаны только на уровне системы, в таких случаях подобная настройка повлияет на всех пользователей. Или криво написанная программа может сохранять свои настройки и временные файлы куда-то в каталог/раздел реестра, который будет общим для всех пользователей.
Новый пользователь всегда создается с чистым профилем (точнее с профилем "по умолчанию", который то же можно менять), но ему доступны все программы установленные ранее администратором (см.ответ
Hemul GM ).
Если не хотите, что бы пользователи влияли друг на друга, используйте для сохранения программ каталоги профиля пользователя и отберите администраторские права у всех пользователей, кроме одного.